国本之争分为三个阶段，不同阶段中体现出了不同的本质

自古朝廷各有一代之家法，汉唐家法原不正，故子孙得出入其间。若我朝立国在此，则守之亦必在此。皇上即有难割之爱，必不忍以家法为私，臣等即有承望无耻之心，必不敢以家法为市。——王锡爵《王文肃公全集》

自古早立太子，而早豫教者，莫如三代，而享国长久之主，亦惟三代为多。西汉之君，惟文、景最盛，而立太子最早。东汉惟明帝在位久，而立太子又最早。惟晚唐之君，恶言储嗣，数世相传，不早立太子，而享年最短。——王锡爵《王文肃公全集》

文官集团使出终极必杀技后，确实让明神宗陷入了相当被动的境地，逼得明神宗只能采取拖延这种下下策，但是，能成为明代在位时间最长的皇帝，明神宗肯定不会束手无策，为了削弱文官集团及其幕后黑手的势力，明神宗采取了缺官不补和派出矿监、税使两种措施。

文官集团及其幕后黑手并没有因此而向明神宗妥协，既然明神宗缺官不补，文官集团就在处理不涉及军国大事的政务时就自己拿主意，既然明神宗派出了矿监、税使，文官集团的幕后黑手就以“与民争利”为由一次次组织声势浩大的反矿监、税使运动。最终，明神宗于无奈之中被迫于万历二十九年册立朱常洛为皇太子。

至此，国本之争在这一阶段的本质就清晰了，从表面上看，文官集团百般努力不过是想让明神宗早日册立朱常洛为皇太子而已，但是其更深层次的含义其实在于文官集团及其幕后黑手想借朱元璋的家法和汉唐兴衰的旧事达到对皇权的约束、限制，进而实现皇帝无为而治、文官集团及其幕后黑手当家做主的目的，而明神宗为了避免自己被迫无为而治，只能通过缺官不补和派出矿监、税使来抗争。

夫礼法虽自王者定，而王者之身未尝顷刻违。夫法此礼、此法，其来已远，累朝遵行，无敢逾越。——沈一贯《敬事草》

所以，这一阶段国本之争的本质就是明神宗与文官集团及其幕后黑手之间的权力之争。

朱常洛被册立为皇太子后，国本之争却没有随之结束，为了报复文官集团及其幕后黑手，明神宗并没有停止缺官不补、召回矿监和税使，并且为了等待机会，明神宗还打破了藩王成年后要前往封地就藩的惯例，让已经被封为福王的朱常洵照常留在京师，最终在万历四十二年，随着一场皇太子朱常洛被刺杀的莫名其妙的梃击案，国本之争终于画上了一个句号。

由于国本之争的最后一个阶段明神宗并没有采取什么新的措施，所以，国本之争最后一个阶段的本质就是明神宗最后的挣扎。